农村土壤的环境质量关乎菜篮子、米袋子的安全，关乎民众的身体健康。随着工业化的发展，部分土壤呈现出不同程度的有机污染、硝酸盐污染和氟污染、大气降尘、污水灌溉等因素影响而形成的重金属污染，工业固体废物和生活垃圾也造成了点状综合污染等。土壤污染不仅会导致农作物生产减产、品质下降，经济效益降低，更为严重的是，通过食物链影响人体健康，还会造成地下水污染。
当前，土壤污染监测多为对厂矿企业及重点地区的点状监控，不能形成关于土壤环境的完整数据链。有些省份的监测工作，只着重考虑了一时一地的环境状况，缺少对区域性土壤环境质量的全面掌握，得不到污染物流通渠道的上下游信息;只考虑土壤中污染物的全量，未对污染物在土壤中的赋存形态和变化趋势进行分析。现有工作很难提供对环境质量未来变化趋势和环境承载临界点的准确判断和预测。一旦有环境问题出现，很难在短时间内迅速准确地找到污染源头并制定出有针对性的治理方案。因此，土壤污染的监测机制和体系亟待健全。
一是切实建立污染物排放的监管体系。从源头控制向土壤输入污染物是首要任务，结合大气污染治理的各项工作，继续控制大气污染的排放量;加强对污水排放的重金属有机污染物的监测力度。建议环保部门制定规划，逐步将污水中的重金属含量监测和处理纳入日常工作中。控制化肥和农药的使用量，减少硝酸盐、氟等污染物的面源性污染。
二是建立对重点局部污染区域土壤的长期监测和预警研究机制。由于土壤污染具有隐蔽性、危害滞后性和突发性(科学界称为“化学定时炸弹”)，污染物一旦超过土壤容量的临界值，产生的危害不可估量。对重污染区不仅监测土壤污染物的现实量和存在形态，还要监测变化趋势和污染物的输入输出量、影响范围以及对农作物安全性的影响。同时应建立监测预警机制，结合大学和科研院所长期开展预警研究的成果，制定环境事件处理预案，以便及时采取措施，预防发生重大污染事件。